O RCAAP tem por missão promover, apoiar e facilitar a adoção do acesso aberto ao conhecimento científico em Portugal e armazenar, disponibilizar e preservar a produção científica que nos for confiada. Esta missão materializa-se nos seguintes objetivos:

1. Aumentar a visibilidade, acessibilidade e difusão dos resultados da atividade académica e de investigação científica portuguesa, o que é importante para a comunidade académica e científica mas também para a sociedade em geral.

2. Facilitar a gestão e o acesso à informação sobre a produção científica nacional através do registo da produção científica em sistemas de informação específicos - os repositórios institucionais - e da sua agregação no portal RCAAP.

3. Integrar Portugal num conjunto de iniciativas internacionais através da disponibilização de um agregador e de um diretório da produção académica e científica que facilitam a interoperabilidade e a interligação com o crescente número de centros de investigação, organismos financiadores de investigação e instituições de ensino superior que, na Europa e no mundo, dispõem também de ferramentas deste tipo.